Les invasions mongoles, constituées majoritairement de turcs, ravagent le moyen-orient.

Gengis Khan et le déclin des Seldjoukides

Iran / Irak / Asie centrale

Au XIIe, l'empire des Seldjoukides s'est effondré :
 - les Kara Khitaï (proto-mongol bouddhistes) ont évincé les Karakhanides et se sont emparés de la Transoxiane (1140),
 - les Ghourides (iranien d'Afghanistan) chassent les Ghaznévides (1150),
 - le calife abbasside a repris Bagdad (1152),
 
A partir de 1200, le chah du Khorezm (turcs iranisés) a conquis l'Iran central, la Transoxiane, l'Afghanistan.

Fédérés par Gengis Khan (="Khan universel"), à partir de 1218, les mongols se rendent maitres de l'asie centrale : le khorezm et le Khorassan sont dévastés et les villes de Balkh, Hérat, Nichapour, Boukharat, Samarcande... sont rasées comme de nombreuses autres villes. Le cours de l'Amou Daria est détourné pour détruire Ourgentch (1221).
Les Ouïghours se rallient aux Mongols auquels ils apportent leur alphabet.

A la mort de Genghis Khan, son empire est divisé en 4 khans qui deviennent rivaux.

En 1251, Hügelegü, petit-fils de Gengis Khan, s'empare de l'Iran afin de venir à bout des "Assasins" (1256).
En 1258, il mets le siège devant Bagdad et massacre une grande partie de la population Abbasside, exécute le calife et supprime le califat et fonde l'Ilkhanat.

Une fois installés en pays conquis, de nombreux mongols vont se fondre à la population et se convertir à l'islam.

NB : Les "Assasins" sont une secte, fondé par Nizar, un fils de calife déchu, installée à Alamout, forteresse inexpugnable au nord de Téhéran, par Hassan-i Sabbâh appelé le "vieux de la montagne". Les "Nizaristes" (ou fedayin=prêt à se sacrifier) pratiquent l'assassinat politique à grande échelle sous l'emprise (hypothèse controversée) du haschich (d'où leur nom). (Lire "Alamut" de Vladimir Bartol). A leur déclin, ils se cachent sous le manteau du soufisme.

Arabie

Les autorités de la Mecque passent sous l'autorité des Ayyoubides, jusqu'en 1250, puis sous celle des Mamelouks.

Yemen

Contrée marginale qui a vu le chi'isme s'implanter dans sa version zaïdite au 9e, le Yémen voit le sunnisme imposé par la dynastie rasoulide du 13e au 15e siècle.

Sultanat Mamelouk

Egypte

En 1170, l'égypte est passée sous le contrôle d'un kurde nommé Salah-al-Din (Saladin). Devenu maitre de la Syrie, il reprend Jérusalem en 1187.
Les Ayyoubides, ses descendants,  règnent sur la Syrie et l'Egypte jusqu'au 13e.

Au 13e, les Mamelouks éliminent les Ayyoubides. Face à la cinquième croisade, conduite par Saint Louis, les Mamelouks (mercenaires turcs, circassiens et géorgiens) repoussent les croisés et écrasent une armée mongole (1260). Leur chef Bibars prend le titre de Sultan et installe un calife Abbasside au Caire.
En 1269, le sultan Bïbars a organisé un état égypto-syrien qui étend sa souveraineté sur Médine et La Mecque.
En 1291, ses successeurs chassent les latins de Palestine et de Syrie. L'Egypte est de nouveau la puissance majeure du Moyen-Orient.

Le Khanat de la horde d'or

A la mort de Gengis Khan, en 1227, un de ses fils hérite des grandes steppes de l'ouest, restant à conquérir.
Les mongols vont donc envahir et soumettre les Bulgares, les Coumans, les Russes : c'est le Khanat de la Horde d'Or qui durera deux siècles.
Astrakhan et Kazan connaissent un formidable essor.
Le Khanat passe des accords commerciaux avec Byzance, accorde des privilèges aux commercants génois, autorise les vénitiens à ouvrir un comptoir...

Déclin de l'empire Byzantin

L'année 1204 est marquée par l'occupation de Constantinople par la quatrième croisade, en 1204, qui marque le début du déclin de l'empire Byzantin. Les vénitiens et les croisés vont se partager les restes de l'empire. Suite aux invasions ottomanes, l'empire sera soumis à la dominatoin turque pour 400 ans.

Arménie

Au 13e, l'église d'Arménie se rapproche de Rome dont elle reconnait la primauté pontificale jusqu'en 1441, date à laquelle les liens se distendent de nouveau.

Sultanat de Delhi

Inde

En 1175, les Ghourides conquièrent le bassin de l'Indus et éliminent les Ghaznévides. Au 13e, ils tombent à leur tour sous les coups du chah du Khorezm.
En 1206, le chef des mercenaires se proclame "Sultan des Turcs et des Persans" qui se maintiendra jusqu'au 16e.